Kapčiamiesčio giria ošia pačiame Lietuvos pietiniame pakraštyje, ties, ties Lenkijos ir Baltarusijos pasieniu. Iš tiesų ji yra mažesnioji dalis Augustavo girios, kurios didžioji dalis šiuo metu yra Lenkijoje. Kartu su kaimyne Dainavos giria, Kapčiamiesčio giria yra labiausiai pušynų dominuojamas miško masyvas Lietuvoje – jie čia užima daugiau nei 90 proc. viso ploto.
Ežerai susitelkę šiauriniame girios pakraštyje. Per girią teka nemažai upių: Baltoji Ančia, Igara, iš rytų pusės – Nemunas. Didžiausia pelkė – Krakinio, saugoma telmologiniame draustinyje. Didžioji dalis girios – tai lengvai banguojanti smėlinga lyguma, apaugusi sausais pušynais.